La chapelle primitive, qui constitue la partie la plus ancienne de l’édifice, tient lieu de nos jours de crypte. Elle se trouve au sous-sol de l’église actuelle. Sa construction remonte à la fin du 9ème , début du 10ème siècle. Elle est restée ensevelie sous les décombres des édifices successifs durant des siècles mais, heureusement, on a découvert ses vestiges lors de la réfection de 1967.

Les transformations les plus importantes ont eu lieu entre 1882 et 1885 et ont donné à l’édifice sa forme actuelle. On peut voir sur d’anciennes photographies que le clocher était situé dans un angle du bâtiment. On l’a reconstruit et surélevé en 1913.

Les travaux les plus récents effectués à l’église datent de 2003. Quelques modifications ont été apportées en particulier la réhabilitation des deux ouvertures latérales dans le chœur.

Le patron de l’église de Basse-Nendaz est Saint-Léger.