Leider fehlen heute historische Beweise über das genaue Baujahr der Kapelle. Lediglich einer Urkunde vom März 1555 lässt sich entnehmen, dass für die Restaurierung von verschiedenen Gebetsstätten in der Region, darunter auch die Kapelle des Heiligen Sebastian, drei Gulden und zwei Altartücher gespendet wurden.

In jener Zeit unterstand Nendaz zum einen der Republik der Sieben Zehnden im damaligen Oberwallis und war zum andern abhängig von der Regierung in St-Maurice im Unterwallis. Vor diesem historischen Hintergrund lässt sich die Verbindung zum Heiligen Sebastian als Schutzpatron der Kapelle leichter einordnen.

Sebastian lebte im 3. Jahrhundert nach Christus und war Hauptmann im römisch-kaiserlichen Heer von Diokletian und ein Zeitgenosse des heiligen Mauritius (gestorben in St. Maurice/ VS). Dieser wiederum war Kommandant der thebäischen christlichen Legion, die unter der Regierung des römischen Kaisers grausam massakriert wurde. Als Sebastian sich 288 selber öffentlich zum Christentum bekannte, wurde auch er von Diokletian zum Tode verurteilt. Aber obschon sein Körper von mehreren Pfeilen durchbohrt worden war, wurde er wieder auf wundersame Weise gesund.

In der Zeit vor und nach 1555 wütete in Nendaz wie auch im Rest von Europa die Pest. Da sich damals der Mythos hielt, der Schwarze Tod würde durch einen unsichtbaren Pfeilbeschuss übertragen, wurde der Heilige Sebastian gegen die Pest und andere Seuchen angerufen. So auch in Basse-Nendaz, wo zahlreiche Prozessionen die Gläubigen jahrein, jahraus von der Dorfkirche zur Kapelle führten.

Die Zeichen der Zeit nagten wohl auch an der Kapelle, welche im Laufe der Jahrhunderte mehrmals renoviert wurde. In den 1850er und 1860er-Jahren beauftragte man Charles-Frédéric Brun, bekannt als «Le Déserteur», ein Gemälde zu restaurieren. Dabei malte er auch den Heiligen Sebastian unter den barocken Triptychon. In den 1970er-Jahren war es dann die Jägerschaft von Nendaz, Veysonnaz und Salins, die in Eigenregie Dach und Fassade renovierten. Seitdem organisieren sie am 20. Januar jeden Jahres die Messe zu Ehren des heiligen Sebastian, der zugleich auch Schutzpatron der Jäger und Bogenschützen ist.